合肥市各类传染性疾病住院、门诊治疗产生合规个人自付医药费，正常纳入当年大病保险累计总额；国家针对结核病、艾滋病等传染病设置免费筛查、免费基础药物项目，对应免费部分个人无需掏钱，自然不参与大病统计，超出免费方案自费自选药品、住院治疗费用可正常累加。儿童手足口病、季节性甲流乙流、病毒性肺炎、新冠感染后续治疗等普通传染病，无普惠免费政策，个人自付费用全年汇总核算大病；传染病集中隔离食宿费用属于防疫行政开支，剔除不计大病；传染病定点隔离病区自费床位差价、自费营养辅助药同样剔除基数。肺结核办理门诊慢特病备案后，长期服药自付部分逐年累计，突破起付线即可二次报销；传染病由政府集中转运、统一收治产生的公共统筹费用，不进入个人医保账单。
案例1：经开区儿童重症手足口住院自付18600元，达标大病报销2160元。
案例2：蜀山区肺结核患者免费基础药不计入大病，自选自费辅助药全年自付17300元正常累计。
案例3：包河区成人甲流重症肺炎住院，多次治疗费用合并总额突破大病门槛自动抵扣。
案例4：肥东县隔离期间食宿花费2400元，隔离杂费剔除，仅治疗医药费参与大病统计。
案例5：瑶海区艾滋病免费筛查项目个人零支出，无费用可归集大病。